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一、结构不同
洁净棚采用工业铝材、不锈钢方通、铁方通作为框架，风机滤网机组FFU送风，顶部为不锈钢封板，四周悬挂防静电垂帘（或钢化玻璃），其内部净化级别可达到10000-100级。适用于操作区内局部净化级别要求高的区域。
洁净室一般采用泡沫彩钢或是岩棉板吊顶有立墙，有独立的空调送风系统，空气经过初中高效三级过滤，人员及物料配有风淋室及传递窗洁净过滤。洁净室是污染控制的基础，没有洁净室，污染敏感零件就不能批量生产。
二、价格不同
洁净棚通常是建立在洁净室内，所以洁净棚一般不需要考虑空调系统、风淋室及传递窗等其他净化设备的成本。在不考虑其他净化设备成本的情况下，洁净棚的价格约是洁净室价格的40%~60%，洁净棚的价格与洁净室相比会大大降低，当然这也取决于洁净棚所需材料、大小以及洁净级别。洁净棚区域越大、洁净度越高，与洁净室的价格差异就会越小。
三、优缺点
洁净棚：
1.洁净棚施工快、成本低、方便拆装、移动方便、可重复使用；
2.洁净棚通常高度在2米左右，如果使用大量FFU会让洁净棚内噪音增大；
3.由于没有独立的空调送风系统，洁净棚内部往往会感觉到闷热；
4.洁净棚如果不建在洁净室内，因缺少中效空气过滤器的过滤，过滤器相对洁净室寿命会缩短，这样频繁的更换过滤器会使成本增加。
洁净室：
1.洁净室施工慢，成本较高；
2.在一定空间范围内将空气中的微粒子、有害空气、细菌等之污染物排除，并将室内之温度、洁净度、室内压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内；
3.洁净室通常高度在2600MM左右，工作人员在里面工作不会感到压抑及闷热；
4. 洁净室采用初、高效两级过滤系统，过滤效率为：99.99%，确保净化级别。
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